Siden 1990 har Møreforsking Marin tatt prøver av en rekke fiskearter fangstet langs Mørekysten, data som blir brukt av Havforskingsinstituttet blandt annet til bestandsevaluering.
For å skaffe seg mest mulig kunnskap om fiskebestandenes tilstand og videre gi råd for en best mulig forvaltning er forskere avhengig av et godt prøvetakingsprogram. Havforskingsinstituttet (HI) bruker i dag data fra ulike hold for å skape et best mulig bilde av populasjonene. Foruten data fra kommersielle landinger og
referanseflåten blir mer grundig informasjon skaffet gjennom ulike prøvetakingsprogram langs kysten av Norge.
Møreforsking Marin har siden 1990 hatt ansvaret for å gjennomføre denne prøvetakinga av fisk langs Mørekysten. Fra blandt annet garn- og trålfanget sei, hyse, uer og torsk blir det tatt målinger av lengde og vekt, samt bestemmelse av kjønn og gonademodning. Fra alle fisk blir også øresteinen (otolitten) tatt ut for aldersbestemmelse. For prøver tatt av torsk i Borgundfjorden benyttes også øresteinen til å skille mellom hva som er kysttorsk og hva som er skrei.
De siste årene har resultatene fra prøver tatt av torsk i Borgundfjorden vist at en betydelig del av det som fangstes er kysttorsk. Siden kysttorsk er en rødlistet art har HI uttrykt sin bekymring for situasjonen noe som har ført til at Fiskeridirektoratet innførte forbud mot garnfiske i Borgundfjorden i hoveddelen av gyteperioden 2009 (1.Mars - 30.April.).
Ingen grundig biologisk undersøkelse har blitt gjennomørt av torsken i Borgundfjorden siden Olav Godø gjennomførte sitt hovedfagsarbeid i 1977. Møreforsking Marin, Høgskolen i Ålesund og Havforskingsinstituttet har derfor som mål å få gjennomført et samarbeidsprosjekt som tar for seg et omfattende studie av den biologiske situasjonen i fjordsystemet. Resultatene fra et slikt studie er viktig for å legge grunnlaget for en riktig fremtidig forvaltning.