Formålet med arbeidet bak denne rapporten var å kartlegge de historiske variasjonene innen hydrologilvannkjemi i Storfjorden på 90 tallet, og danne et grunnlag for å kunne vurdere forekomster og muligheter for at giftalger forekommer i fjorden. Det ble sett på historiske malinger av temperatur, saltholdighet (salinitet), oksygen, nitrat, fosfat og silikat. De historiske målingene er samlet inn av Havforskningsinstituttet i Bergen på de arlige høsttoktene i Storfjorden fra 1991-1998. Målingene viste at parametrene varierte i fjordsystemet, og det var ofte en gradient fra ytterst til innerst i fjorden, men målingene kunne også vise større årsvariasjoner enn variasjoner gjennom fjorden. På bakgrunn av disse dataene kan det se ut til at primærproduksjonen er forskjellig i Storfjorden, og at den største produksjonen forekommer ytterst i fjorden. Ferskvannsavrenningen til Storfjorden varierer gjennom året, men vannkraftverk tilknyttet til fjorden vil kunne gi et vesentlig bidrag til avrenningen om vinteren.
